Особой категорией алгоритмической торговли является
высокочастотная торговля или
HFT (от англ.
high-frequency trading).
В принципе, многие типы торговой деятельности с использованием компьютерных алгоритмов можно подвести под определение «высокочастотная торговля». В связи с этим, в феврале 2012 года Комиссия по торговле товарными фьючерсами США (CFTC) сформировала специальную рабочую группу для уточнения этого определения, включив в ее состав ученых и отраслевых экспертов. При
высокочастотной торговле используются компьютеры, которые на основе данных, получаемых по информационным каналам, быстро принимают решения по совершению торговых операций — намного быстрее, чем это сделал бы человек. Алгоритмическая торговля и высокочастотная торговля коренным образом изменили рыночную микроструктуру, а в особенности то, как обеспечивается ликвидность рынка. Алгоритмическую торговлю можно использовать как инвестиционную с
тратегию, включая маркет-мейкинг, межрыночный спред, арбитраж и чистые спекуляции (включая отслеживание трендов). При использовании торговых алгоритмов обычно можно на любом этапе вмешаться в принятие и реализацию инвестиционных решений, хотя некоторые алгоритмы способны работать в автономном режиме. Одной из основных проблем с высокочастотной торговлей является трудность определения ее прибыльности. В августе 2009 года фирма TABB Group, специализирующаяся на исследовании индустрии финансовых услуг, опубликовала отчет, согласно которому суммарная прибыль 300 фирм, ведущих операции с ценными бумагами, и хедж-фондов, специализирующихся на высокочастотной торговле, в 2008 году не превышала 21 млрд долларов. Авторы отчета назвали эту прибыль «сравнительно небольшой» и «удивительно скромной» на фоне общего объема торговых операций на фондовом рынке.